而莫荣新被索去了那么一大笔钱后心中甚是肉疼，也就并不见情反而暗中怪罪程璧光。
所以，虽然经程璧光调停后，此事算是了结；但自此，桂系军阀与孙中山大元帅府之间的矛盾更是加深；而程璧光却从此被双方都视为不可靠的异己，吃力不讨好地落了个两面不是人。
不久，大元帅府亲军总司令李福林与广东警察厅厅长魏邦平等人又以龙济光残部在海南尚未剿灭为由，电请陆荣廷调任莫荣新为讨龙总司令，而将广东督军让位于程璧光；如此欲以粤人取代桂人之举，使陆荣廷甚是反感而视程璧光为眼中钉，且恐其倾向孙中山遗患无穷而必欲拔之。
而因程璧光撤掉同安号与豫章号二舰舰长之职，在大元帅府机要秘书朱执信等革命党人看来则是在袒护桂系，也同样一直记恨于心，且也恐其与桂系勾结而必欲除之。
二月二十六日，程璧光应广州电报局长陈作桢之邀赴宴；谁知，行至广州海珠码头时却遭到了暗算，程璧光毫无戒备当场饮弹而亡。
孙中山闻此噩耗后迅即赶至现场，痛惜又失去了一名护**勋；于是，即以军政府大元帅名义布告悬赏缉凶。
程璧光遇害，有人怀疑是陆荣廷所指使，亦有人揣测是革命党人所为，众纷纭莫衷一是；但终因凶犯未能缉获，程璧光的遇害也就又成了一宗疑案，令史家探究不休却终是无果。
程璧光死后，确实让陆荣廷少了许多顾虑；于是，滇、桂系军阀排挤孙中山的行动也加剧了。
唐继尧与陆荣廷筹建西南各省护法联合会议受挫后仍不罢休，他们设法拉拢了一批非常国会中的政学系和益友社的议员，鼓惑改组军政府。
孙中山对此表示反对，指出改组军政府有害护法。
然而，唐继尧与陆荣廷不顾孙中山的反对，仍操纵政学系与益友社，于一九一八年五月四日召开非常国会，通过了《修正军政府组织法》，决定将大元帅制改为总裁合议制。
孙中山觉得此种所谓的改组十分荒谬，即明确表示：“即于改组后仍为总裁，亦决不就之。”
当日，孙中山即向非常国会提出《辞呈》，并《通电》宣告“辞去大元帅之职”。
五月二十日，非常国会选举岑春煊、唐继尧、陆荣廷、孙中山、唐绍仪、伍廷芳、林葆怿等七人为总裁，而以岑春煊为主席总裁，正式改组军政府了。
孙中山虽然仍被选为总裁，但因声明在前，故而没有就职，愤而离粤赴沪了。
且，正在陆荣廷与唐继尧竭力排挤孙中山之时，受皖系控制的北洋政府突然也提出南北和议了；并派内务总长许世英到上海与孙中山谈判，谋求福建战场上闽、粤两军停火。
原来，当选大总统后的徐世昌，虽也属于皖系且受段祺瑞操控；然而，徐世昌对于段祺瑞的欲用武力统一也持异议。
而此时，福建战场上南北双方仍在打仗且处于胶着状态似无了时；徐世昌觉得再这么打下去何时得了？
再，他这个大总统已上台了，总该做点样子给国人瞧；因此，没有征求段祺瑞的意见，也顾不得段祺瑞会怎么想；就一面派人与孙中山和议，一面给前线的李厚基下了一道《停战令》。
因为，徐世昌也是皖系中人，段祺瑞觉得自己刚把冯国璋迫走，不宜再与徐世昌闹翻，一反常态地没有表示异议。
再，直系已经停火不愿打了，福建的李厚基败阵后是靠了王永泉的浙军才勉强支撑着，局势对于皖系很是不利；看来，欲求武力统一已不可能，确也该自知而收场了。
所以，徐世昌的下令停火，看似与段祺瑞背道而驰；但其实，对于此时的段祺瑞来，却正是顺了他的意，让他能较体面地收场；因此，段祺瑞也就充耳不闻地任由徐世昌去行权了。
而孙中山虽然对于护法运动矢志不渝，但因此时已被滇、桂系军阀排挤；回到上海后的孙中山，担心留在闽南护法区的陈炯明独木难支恐有不测，也正想着能与皖系罢战言和以保存这支有生力量。
所以，当徐世昌派遣许世英前来和议时，孙中山也就顺水推舟地同意了，并也立即指令陈炯明停火。
而在闽中苦撑着的李厚基与王永泉，正巴不得徐世昌的这道《停战令》，以让他们能**休整。
陈炯明与李厚基本无恩怨，只是为了摆脱桂系控制，才离粤入闽谋求拓展；而今，在闽中与浙、闽军对峙多时却毫无进展，正处于进不得、退不甘的窘境之中，亦有了罢战之意；忽然，接到孙中山要其停火的指令，正合陈炯明的心意。
于是，陈炯明派遣许崇智，李厚基派遣闽军第二师师长臧致平，坐下来谈判了；结果，双方以各自占据的地盘为界罢兵言和了。
如此，陈炯明拥有了已被占据的闽南二十六座城池；李厚基虽然失去了闽南的一大片地盘，但总算得以**了；至此，福建战场上也终于停火。
闽、粤之战后，陈炯明有了一块属于自己的地盘，且其所率粤军的兵力也由出粤时的五千骤增至二万而声势大振；所以，对于陈炯明来，这场闽、粤之战收获确实不已是心满意足。
接着，陈炯明以闽南的漳州为中心建立了一个名为闽南护法区的根据地；自此，陈炯明踌躇满志了，打算好生经营这块属于自己了的地盘，以实现自己筹划已久的宏图。
而陆荣廷与唐继尧将孙中山挤走后，经改组的广州军政府完全掌控在桂、滇军阀手中了；虽然仍打着护法的旗号，但已是徒有空名。
至此，孙中山发动与领导的第一次护法运动宣告失败。
不过，因陈炯明在闽南取得了不的成果，又有了一块真正属于革命党人的地盘，这让孙中山及其追随者多少得到了一点慰藉；因为，革命党人从此不必再寄人篱下了。
只是，欲一显身手的蒋介石在这场闽、粤之战中没能捞到什么；唯一可称得上收获的是，蒋介石有幸与深受孙中山器重、粤军中举足轻重的许崇智相识并结了八拜之交。
此时的蒋介石虽名为援闽粤军总司令部参谋，但陈炯明没有赋予他多少实权，只是让他负责管理枪械之类的闲杂事务；因此，根本没有显山露水的机会，这令蒋介石甚觉怏怏心怀去意。
更因为，同为援闽粤军总司令部参谋的张国桢与他有隙，俩人难以相处，也促使蒋介石决定离去。
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所以，虽然经程璧光调停后，此事算是了结；但自此，桂系军阀与孙中山大元帅府之间的矛盾更是加深；而程璧光却从此被双方都视为不可靠的异己，吃力不讨好地落了个两面不是人。
不久，大元帅府亲军总司令李福林与广东警察厅厅长魏邦平等人又以龙济光残部在海南尚未剿灭为由，电请陆荣廷调任莫荣新为讨龙总司令，而将广东督军让位于程璧光；如此欲以粤人取代桂人之举，使陆荣廷甚是反感而视程璧光为眼中钉，且恐其倾向孙中山遗患无穷而必欲拔之。
而因程璧光撤掉同安号与豫章号二舰舰长之职，在大元帅府机要秘书朱执信等革命党人看来则是在袒护桂系，也同样一直记恨于心，且也恐其与桂系勾结而必欲除之。
二月二十六日，程璧光应广州电报局长陈作桢之邀赴宴；谁知，行至广州海珠码头时却遭到了暗算，程璧光毫无戒备当场饮弹而亡。
孙中山闻此噩耗后迅即赶至现场，痛惜又失去了一名护**勋；于是，即以军政府大元帅名义布告悬赏缉凶。
程璧光遇害，有人怀疑是陆荣廷所指使，亦有人揣测是革命党人所为，众纷纭莫衷一是；但终因凶犯未能缉获，程璧光的遇害也就又成了一宗疑案，令史家探究不休却终是无果。
程璧光死后，确实让陆荣廷少了许多顾虑；于是，滇、桂系军阀排挤孙中山的行动也加剧了。
唐继尧与陆荣廷筹建西南各省护法联合会议受挫后仍不罢休，他们设法拉拢了一批非常国会中的政学系和益友社的议员，鼓惑改组军政府。
孙中山对此表示反对，指出改组军政府有害护法。
然而，唐继尧与陆荣廷不顾孙中山的反对，仍操纵政学系与益友社，于一九一八年五月四日召开非常国会，通过了《修正军政府组织法》，决定将大元帅制改为总裁合议制。
孙中山觉得此种所谓的改组十分荒谬，即明确表示：“即于改组后仍为总裁，亦决不就之。”
当日，孙中山即向非常国会提出《辞呈》，并《通电》宣告“辞去大元帅之职”。
五月二十日，非常国会选举岑春煊、唐继尧、陆荣廷、孙中山、唐绍仪、伍廷芳、林葆怿等七人为总裁，而以岑春煊为主席总裁，正式改组军政府了。
孙中山虽然仍被选为总裁，但因声明在前，故而没有就职，愤而离粤赴沪了。
且，正在陆荣廷与唐继尧竭力排挤孙中山之时，受皖系控制的北洋政府突然也提出南北和议了；并派内务总长许世英到上海与孙中山谈判，谋求福建战场上闽、粤两军停火。
原来，当选大总统后的徐世昌，虽也属于皖系且受段祺瑞操控；然而，徐世昌对于段祺瑞的欲用武力统一也持异议。
而此时，福建战场上南北双方仍在打仗且处于胶着状态似无了时；徐世昌觉得再这么打下去何时得了？
再，他这个大总统已上台了，总该做点样子给国人瞧；因此，没有征求段祺瑞的意见，也顾不得段祺瑞会怎么想；就一面派人与孙中山和议，一面给前线的李厚基下了一道《停战令》。
因为，徐世昌也是皖系中人，段祺瑞觉得自己刚把冯国璋迫走，不宜再与徐世昌闹翻，一反常态地没有表示异议。
再，直系已经停火不愿打了，福建的李厚基败阵后是靠了王永泉的浙军才勉强支撑着，局势对于皖系很是不利；看来，欲求武力统一已不可能，确也该自知而收场了。
所以，徐世昌的下令停火，看似与段祺瑞背道而驰；但其实，对于此时的段祺瑞来，却正是顺了他的意，让他能较体面地收场；因此，段祺瑞也就充耳不闻地任由徐世昌去行权了。
而孙中山虽然对于护法运动矢志不渝，但因此时已被滇、桂系军阀排挤；回到上海后的孙中山，担心留在闽南护法区的陈炯明独木难支恐有不测，也正想着能与皖系罢战言和以保存这支有生力量。
所以，当徐世昌派遣许世英前来和议时，孙中山也就顺水推舟地同意了，并也立即指令陈炯明停火。
而在闽中苦撑着的李厚基与王永泉，正巴不得徐世昌的这道《停战令》，以让他们能**休整。
陈炯明与李厚基本无恩怨，只是为了摆脱桂系控制，才离粤入闽谋求拓展；而今，在闽中与浙、闽军对峙多时却毫无进展，正处于进不得、退不甘的窘境之中，亦有了罢战之意；忽然，接到孙中山要其停火的指令，正合陈炯明的心意。
于是，陈炯明派遣许崇智，李厚基派遣闽军第二师师长臧致平，坐下来谈判了；结果，双方以各自占据的地盘为界罢兵言和了。
如此，陈炯明拥有了已被占据的闽南二十六座城池；李厚基虽然失去了闽南的一大片地盘，但总算得以**了；至此，福建战场上也终于停火。
闽、粤之战后，陈炯明有了一块属于自己的地盘，且其所率粤军的兵力也由出粤时的五千骤增至二万而声势大振；所以，对于陈炯明来，这场闽、粤之战收获确实不已是心满意足。
接着，陈炯明以闽南的漳州为中心建立了一个名为闽南护法区的根据地；自此，陈炯明踌躇满志了，打算好生经营这块属于自己了的地盘，以实现自己筹划已久的宏图。
而陆荣廷与唐继尧将孙中山挤走后，经改组的广州军政府完全掌控在桂、滇军阀手中了；虽然仍打着护法的旗号，但已是徒有空名。
至此，孙中山发动与领导的第一次护法运动宣告失败。
不过，因陈炯明在闽南取得了不的成果，又有了一块真正属于革命党人的地盘，这让孙中山及其追随者多少得到了一点慰藉；因为，革命党人从此不必再寄人篱下了。
只是，欲一显身手的蒋介石在这场闽、粤之战中没能捞到什么；唯一可称得上收获的是，蒋介石有幸与深受孙中山器重、粤军中举足轻重的许崇智相识并结了八拜之交。
此时的蒋介石虽名为援闽粤军总司令部参谋，但陈炯明没有赋予他多少实权，只是让他负责管理枪械之类的闲杂事务；因此，根本没有显山露水的机会，这令蒋介石甚觉怏怏心怀去意。
更因为，同为援闽粤军总司令部参谋的张国桢与他有隙，俩人难以相处，也促使蒋介石决定离去。
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