不久，段祺瑞即宣布解散临时参议院，组建了一个以王揖唐为议长的新国会；因新建的国会是以安福系为主，全部四百名议员中，安福系占了三百八十余人；故而，世人则称其为安福国会。
安福国会完全是段祺瑞的御用工具，全听凭于段祺瑞操纵。
段祺瑞觉得时机已到，即指使安福国会策划准备总统选举了；意在利用已掌于手中的安福国会这个选举工具，在总统选举时实施合法倒冯；从而将北洋政府的军政大权完全掌控在自己手中。
冯国璋见段祺瑞仍不卖他的账，且如此诡计多端花样百出；看来，段祺瑞是非要逼迫自己下台不可。
冯国璋想不到自己闯荡一生，用尽心机爬上了大总统的权位；虽大总统前有个代字，但毕竟是位及人君；可谁知，实际上却也如同黎元洪一样，只是捞了个虚名；到头来，更如同笼中困兽被禁在了北京而不得自由，几成了段祺瑞的掌中玩物。
而今，段祺瑞操纵安福国会欲行总统选举，其用意所在不言而喻。
冯国璋自知孤立无援，当选无望且又无力阻止。
于是，一九一八年十月七日，尚未任期届满、却已显得十分绝望了的冯国璋主动《通电》辞职了；然后，返回河间故里隐居。
至此，冯国璋与段祺瑞的第二次府、院之争，终以段祺瑞的胜利宣告结束了。
一年后的一九一九年十二月二十八日，冯国璋病逝于北京；从此，曾经登峰造极风云一时、北洋三杰中的豹永远地从中国的政治舞台上消逝了。
冯国璋辞职后，在段祺瑞的一手操纵下，安福国会即选举徐世昌为总统。
徐世昌是北洋元老，且为人随和无棱角能被众僚所拥戴，段祺瑞也就觉得不宜异议而接受了。
冯国璋辞职后，直系势力在北洋政府中地位明显地不再如前了；然而，其实力却仍在而无甚大损；只是，执掌直系大旗的领军人物改由原直隶督军曹锟了。
曹锟曾在袁世凯手下任第三镇都统，论资排辈不逊于段祺瑞；所以，段祺瑞倒也不敢觑他。
且曹锟曾是督军团成员，《通电》支持过段祺瑞的武力征湘；因此，段祺瑞倒是乐于与曹锟言好，化解直、皖间矛盾。
同时，又为了减轻国人对皖系军阀逼迫冯国璋辞职的指责；段祺瑞故作姿态地也辞去了国务总理之职，又让内务总长钱能训兼署代理内阁总理。
但同时，段祺瑞却将其亲信、安福系的李思浩、曾毓隽、朱深等人塞进内阁，出任财政总长、交通总长、司法总长等职。
如此，段祺瑞表面上是辞职放权了；而实际上只是退居到了幕后，仍通过安福国会及其亲信对北洋政府进行操控。
因此，这时的大总统徐世昌与代理内阁总理钱能训同样只是挂了个虚衔，北洋政府的实权仍完全落在拥段祺瑞派手中。
不过，段祺瑞为了缓解与各方的矛盾，暂时不再提武力统一了。
就在段祺瑞与冯国璋进行府、院之争时，因与直系军阀达成停火后没了后顾之忧的陆荣廷，也打算与孙中山摊牌了。
其实，还在孙中山接受朱庆澜二十个警卫营的时候，陆荣廷心中就很是不爽；只因当时有北洋军大敌在前，不便与孙中山翻脸才忍了下来。
而今，北洋军威胁已不存在，没有必要再护法了；因此，孙中山也不该再在广东待下去。
因为，在陆荣廷眼里，两广都是属于桂系的地盘，容不得外人插足。
为此，陆荣廷为首的桂系军阀也就处处与孙中山作对而矛盾不断了。
一九一八年一月十五日，陆荣廷与唐继尧密谋策划另立一个所谓的西南各省护法联合会议，推举唐继尧、程璧光、陆荣廷为军事总代表、伍廷芳为外交总代表、唐绍仪为财政总代表，欲以此与孙中山的广州军政府分庭抗礼。
针对陆荣廷、唐继尧等人分裂护法联盟的这一行为，孙中山斥之为“于《约法》无根据，乃督军团第二”。
远在重庆的军政府秘书长章太炎也致《电》程璧光、伍廷芳、唐绍仪等人，指出：“此乃坠三军之心，长仇人之气，无异于自杀。”
程璧光等人鉴于反对呼声甚盛，遂拒不接受陆荣廷与唐继尧委以之职；从而，使西南各省护法联合会议的组建搁浅胎死腹中了；程璧光此举，令陆荣廷十分恼怒记恨于心。
翌年一月，孙中山大元帅府在由陆荣廷新委任的广东督军莫荣新的地盘上招兵；莫荣新则借故寻衅，不计后果地将大元帅府前来招兵的六十余人扣留，并杀害了其中多人。
这下，激怒了大元帅府中的革命党人，纷纷要求孙中山出兵征讨；孙中山不由得也怒火中烧了，即命令海军同安号、豫章号炮轰莫荣新的官邸。
莫荣新想不到一直被认为只会用嘴放空炮而不谙实战的孙中山竟然也不好惹，这次却真的对他放实炮了；莫荣新一时倒是没了主意，且又自知理亏而不敢还手，赶紧电请程璧光调停。
程璧光因海军缺饷曾有求于桂系，也就愿意插上一手，为莫荣新解危以还人情。
于是，程璧光派遣海琛号舰前去阻止，并下令撤掉了同安号与豫章号二舰舰长之职，这才避免了事态的进一步恶化。
但是，为了平息大元帅府中革命党人的怨气，程璧光要莫荣新认错并放血，赔偿了大元帅府二万元作为冤死者的抚恤费，这才勉强将事件平息。
程璧光虽然做成了和事佬，但却因帮了桂系军阀莫荣新的忙，不知不觉中得罪了孙中山大元帅府中的革命党人。
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安福国会完全是段祺瑞的御用工具，全听凭于段祺瑞操纵。
段祺瑞觉得时机已到，即指使安福国会策划准备总统选举了；意在利用已掌于手中的安福国会这个选举工具，在总统选举时实施合法倒冯；从而将北洋政府的军政大权完全掌控在自己手中。
冯国璋见段祺瑞仍不卖他的账，且如此诡计多端花样百出；看来，段祺瑞是非要逼迫自己下台不可。
冯国璋想不到自己闯荡一生，用尽心机爬上了大总统的权位；虽大总统前有个代字，但毕竟是位及人君；可谁知，实际上却也如同黎元洪一样，只是捞了个虚名；到头来，更如同笼中困兽被禁在了北京而不得自由，几成了段祺瑞的掌中玩物。
而今，段祺瑞操纵安福国会欲行总统选举，其用意所在不言而喻。
冯国璋自知孤立无援，当选无望且又无力阻止。
于是，一九一八年十月七日，尚未任期届满、却已显得十分绝望了的冯国璋主动《通电》辞职了；然后，返回河间故里隐居。
至此，冯国璋与段祺瑞的第二次府、院之争，终以段祺瑞的胜利宣告结束了。
一年后的一九一九年十二月二十八日，冯国璋病逝于北京；从此，曾经登峰造极风云一时、北洋三杰中的豹永远地从中国的政治舞台上消逝了。
冯国璋辞职后，在段祺瑞的一手操纵下，安福国会即选举徐世昌为总统。
徐世昌是北洋元老，且为人随和无棱角能被众僚所拥戴，段祺瑞也就觉得不宜异议而接受了。
冯国璋辞职后，直系势力在北洋政府中地位明显地不再如前了；然而，其实力却仍在而无甚大损；只是，执掌直系大旗的领军人物改由原直隶督军曹锟了。
曹锟曾在袁世凯手下任第三镇都统，论资排辈不逊于段祺瑞；所以，段祺瑞倒也不敢觑他。
且曹锟曾是督军团成员，《通电》支持过段祺瑞的武力征湘；因此，段祺瑞倒是乐于与曹锟言好，化解直、皖间矛盾。
同时，又为了减轻国人对皖系军阀逼迫冯国璋辞职的指责；段祺瑞故作姿态地也辞去了国务总理之职，又让内务总长钱能训兼署代理内阁总理。
但同时，段祺瑞却将其亲信、安福系的李思浩、曾毓隽、朱深等人塞进内阁，出任财政总长、交通总长、司法总长等职。
如此，段祺瑞表面上是辞职放权了；而实际上只是退居到了幕后，仍通过安福国会及其亲信对北洋政府进行操控。
因此，这时的大总统徐世昌与代理内阁总理钱能训同样只是挂了个虚衔，北洋政府的实权仍完全落在拥段祺瑞派手中。
不过，段祺瑞为了缓解与各方的矛盾，暂时不再提武力统一了。
就在段祺瑞与冯国璋进行府、院之争时，因与直系军阀达成停火后没了后顾之忧的陆荣廷，也打算与孙中山摊牌了。
其实，还在孙中山接受朱庆澜二十个警卫营的时候，陆荣廷心中就很是不爽；只因当时有北洋军大敌在前，不便与孙中山翻脸才忍了下来。
而今，北洋军威胁已不存在，没有必要再护法了；因此，孙中山也不该再在广东待下去。
因为，在陆荣廷眼里，两广都是属于桂系的地盘，容不得外人插足。
为此，陆荣廷为首的桂系军阀也就处处与孙中山作对而矛盾不断了。
一九一八年一月十五日，陆荣廷与唐继尧密谋策划另立一个所谓的西南各省护法联合会议，推举唐继尧、程璧光、陆荣廷为军事总代表、伍廷芳为外交总代表、唐绍仪为财政总代表，欲以此与孙中山的广州军政府分庭抗礼。
针对陆荣廷、唐继尧等人分裂护法联盟的这一行为，孙中山斥之为“于《约法》无根据，乃督军团第二”。
远在重庆的军政府秘书长章太炎也致《电》程璧光、伍廷芳、唐绍仪等人，指出：“此乃坠三军之心，长仇人之气，无异于自杀。”
程璧光等人鉴于反对呼声甚盛，遂拒不接受陆荣廷与唐继尧委以之职；从而，使西南各省护法联合会议的组建搁浅胎死腹中了；程璧光此举，令陆荣廷十分恼怒记恨于心。
翌年一月，孙中山大元帅府在由陆荣廷新委任的广东督军莫荣新的地盘上招兵；莫荣新则借故寻衅，不计后果地将大元帅府前来招兵的六十余人扣留，并杀害了其中多人。
这下，激怒了大元帅府中的革命党人，纷纷要求孙中山出兵征讨；孙中山不由得也怒火中烧了，即命令海军同安号、豫章号炮轰莫荣新的官邸。
莫荣新想不到一直被认为只会用嘴放空炮而不谙实战的孙中山竟然也不好惹，这次却真的对他放实炮了；莫荣新一时倒是没了主意，且又自知理亏而不敢还手，赶紧电请程璧光调停。
程璧光因海军缺饷曾有求于桂系，也就愿意插上一手，为莫荣新解危以还人情。
于是，程璧光派遣海琛号舰前去阻止，并下令撤掉了同安号与豫章号二舰舰长之职，这才避免了事态的进一步恶化。
但是，为了平息大元帅府中革命党人的怨气，程璧光要莫荣新认错并放血，赔偿了大元帅府二万元作为冤死者的抚恤费，这才勉强将事件平息。
程璧光虽然做成了和事佬，但却因帮了桂系军阀莫荣新的忙，不知不觉中得罪了孙中山大元帅府中的革命党人。
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