经过“唷唷唷喔区”时，零一几人帮君莎小姐找到了失踪的小孩和帮乔伊小姐解救沉睡中的神奇宝贝，而小霞也在这一次事件中，收服到鸭神——呆萌可达鸭。
经过美容街时，零一几人遇到了连续三年美容街饲育家比赛的冠军得主，获得神奇宝贝训练家联盟的认定，神奇宝贝之友杂志读者票选最受欢迎的饲育家，连续四年拿到第一名的超级优秀的饲育家——小雪，帮助她打退了火箭队创办的美容店后，小刚也得到了被小雪拜托培育的六尾。
紧接着零一几人受“爱美”之邀参加了神奇宝贝格斗技的大庆典，然后以小智的火爆猴赢得p1大奖，最后小智把火爆猴交于爱美父亲照顾而结束。
经历了这一系列的事件，几人终于到达了看起来有些破败的城市——黑云市。
“这个地方工厂林立，可是怎么看起来冷冷清清的。”小智疑惑的看向四周。
“这里是黑云市，听说这里以前因为到处是工厂所以很繁华。”零一解释道。
“不过也因为这个原因，所以天空和大海都受到污染又没落起来。”
“看来不太可能有神奇宝贝存在。”小黎看着四周有些乌烟瘴气的城市，嘀咕道。
“皮卡～”皮卡丘突然面色潮红，不对劲的叫了一声。
“小智，带皮卡丘去神奇宝贝中心。”零一眼神微眯，继而说道。
“有人在吗？”小智手戴粉红塑胶手套，用力按着神奇宝贝中心前台的按铃。
“有没有人在啊？”
“真受不了耶，你不知道现在几点钟了吗？”只见乔伊小姐打着哈欠走了出来。
零一见此走到公共电话区，拨通了大木博士的电话。
“喂，不好意思啊，大木博士，这么晚还找你。”
“啊？
没事没事，零一，是出什么事了吗？”大木博士穿着妙蛙种子图案的睡衣，打着哈欠问道。
“没有，就是想交换一下我现有的神奇宝贝。”零一想了想，继续说道。
“我把暴鲤龙传给你，你把毒刺水母传给我吧。”
“嗯……毒刺水母嘛……”大木博士撑着下巴看了看身后的神奇宝贝球柜，然后走到里面拿出一枚神奇宝贝球。
“你这只毒刺水母还真是巨大，幸亏我事先查询了它的资料，要不然我这座研究所都要废掉。”
零一不好意思的挠了挠头，然后又听见大木博士说。
“不过你这只毒刺水母会的技能很多，不仅会水系，冰系，毒系，超能系，一般系技能，就连草系和妖精系都会。”
零一略微挑了挑眉，显然她也没想到这只毒刺水母会这么多种技能，继而她笑道。
“是吗？
看来我又捡到宝了，不过大木博士，我马上会传送一只你极为喜欢的神奇宝贝过去，我相信见到它的模样你会激动坏的。”
“哈哈哈……那我就在这等着它的到来。”大木博士没有反驳，反而大笑道，其实零一一开始收服到的闪光可达鸭就已经让他激动坏了，更何况后面的快龙和巨大毒刺水母呢，所以他一点也不怀疑。
零一又跟大木博士简单聊了几句今后的打算便挂了通话，然后电也在挂完电话的那一刻起停了。
“零一，现在该怎么办？
！”见零一打完了电话，小智急切喊道。
“去发电所。”零一说完又看了看一脸紧张的皮卡丘，继而走过去温柔的摸了摸它的脑袋。
“我们不会扔下你，你在这好好休息，乖乖等着我们回来。”
“皮卡～”皮卡丘这才安心的窝在了乔伊小姐的怀里。
“雷丘，你在这陪着皮卡丘”零一对雷丘说完后，便带着小智几人前往发电所。
在寻找问题根源的同时，零一几人也收服了几只值得培养的神奇宝贝——零一收服到好战的电击怪，小智收服了臭泥群的老大臭臭泥，小黎收服了帮忙带路的小磁怪。
“从现在开始，你们要寸步不离的跟着我，因为接下来要发生的事会危险的许多。”零一看着手中装有电击怪的神奇宝贝消失后，对着小智几人认真说道。
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经过美容街时，零一几人遇到了连续三年美容街饲育家比赛的冠军得主，获得神奇宝贝训练家联盟的认定，神奇宝贝之友杂志读者票选最受欢迎的饲育家，连续四年拿到第一名的超级优秀的饲育家——小雪，帮助她打退了火箭队创办的美容店后，小刚也得到了被小雪拜托培育的六尾。
紧接着零一几人受“爱美”之邀参加了神奇宝贝格斗技的大庆典，然后以小智的火爆猴赢得p1大奖，最后小智把火爆猴交于爱美父亲照顾而结束。
经历了这一系列的事件，几人终于到达了看起来有些破败的城市——黑云市。
“这个地方工厂林立，可是怎么看起来冷冷清清的。”小智疑惑的看向四周。
“这里是黑云市，听说这里以前因为到处是工厂所以很繁华。”零一解释道。
“不过也因为这个原因，所以天空和大海都受到污染又没落起来。”
“看来不太可能有神奇宝贝存在。”小黎看着四周有些乌烟瘴气的城市，嘀咕道。
“皮卡～”皮卡丘突然面色潮红，不对劲的叫了一声。
“小智，带皮卡丘去神奇宝贝中心。”零一眼神微眯，继而说道。
“有人在吗？”小智手戴粉红塑胶手套，用力按着神奇宝贝中心前台的按铃。
“有没有人在啊？”
“真受不了耶，你不知道现在几点钟了吗？”只见乔伊小姐打着哈欠走了出来。
零一见此走到公共电话区，拨通了大木博士的电话。
“喂，不好意思啊，大木博士，这么晚还找你。”
“啊？
没事没事，零一，是出什么事了吗？”大木博士穿着妙蛙种子图案的睡衣，打着哈欠问道。
“没有，就是想交换一下我现有的神奇宝贝。”零一想了想，继续说道。
“我把暴鲤龙传给你，你把毒刺水母传给我吧。”
“嗯……毒刺水母嘛……”大木博士撑着下巴看了看身后的神奇宝贝球柜，然后走到里面拿出一枚神奇宝贝球。
“你这只毒刺水母还真是巨大，幸亏我事先查询了它的资料，要不然我这座研究所都要废掉。”
零一不好意思的挠了挠头，然后又听见大木博士说。
“不过你这只毒刺水母会的技能很多，不仅会水系，冰系，毒系，超能系，一般系技能，就连草系和妖精系都会。”
零一略微挑了挑眉，显然她也没想到这只毒刺水母会这么多种技能，继而她笑道。
“是吗？
看来我又捡到宝了，不过大木博士，我马上会传送一只你极为喜欢的神奇宝贝过去，我相信见到它的模样你会激动坏的。”
“哈哈哈……那我就在这等着它的到来。”大木博士没有反驳，反而大笑道，其实零一一开始收服到的闪光可达鸭就已经让他激动坏了，更何况后面的快龙和巨大毒刺水母呢，所以他一点也不怀疑。
零一又跟大木博士简单聊了几句今后的打算便挂了通话，然后电也在挂完电话的那一刻起停了。
“零一，现在该怎么办？
！”见零一打完了电话，小智急切喊道。
“去发电所。”零一说完又看了看一脸紧张的皮卡丘，继而走过去温柔的摸了摸它的脑袋。
“我们不会扔下你，你在这好好休息，乖乖等着我们回来。”
“皮卡～”皮卡丘这才安心的窝在了乔伊小姐的怀里。
“雷丘，你在这陪着皮卡丘”零一对雷丘说完后，便带着小智几人前往发电所。
在寻找问题根源的同时，零一几人也收服了几只值得培养的神奇宝贝——零一收服到好战的电击怪，小智收服了臭泥群的老大臭臭泥，小黎收服了帮忙带路的小磁怪。
“从现在开始，你们要寸步不离的跟着我，因为接下来要发生的事会危险的许多。”零一看着手中装有电击怪的神奇宝贝消失后，对着小智几人认真说道。
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