面对以杨慎为首的一帮文臣有如儿戏般的“乞求”(其实是要挟），他虽然也表现出恼怒，但终究没有沉不住气、中了杨慎他们的“激将法”，而是不动声色地先命內官传口谕，让左顺门外的群臣先退朝，日后再议。
杨慎等人见嘉靖帝没有正面回答自己的请求，又没有强行赶走左顺门外的同僚们，自认为皇帝是心虚、不敢过于压制，怕因此得罪全体文臣，于是更加放肆，在左顺门外继续哭闹，甚至用手大力拍打宫门，搞得左顺门外“声震阙庭”，有如市井菜场一般。
嘉靖帝得知文臣们在左顺门外吵闹喧哗、还拍打宫门的消息后，立即下令，命锦衣卫将为首的几个人——翰林学士丰熙、六科给事中张翀、御史余翱等一一逮捕，下诏狱审问（故意没有第一时间抓杨慎）。
而杨慎见同僚被锦衣卫抓走，气愤恼怒不已，头昏脑涨之下不加思索，带着剩余的同僚们在金水桥、左顺门一带呼喝奔走，边走边哭，大声抗辩，直言皇帝拘押直臣，压制言论，破坏宗法礼仪。
当时皇宫内外的呼喊、哭泣声此起彼伏，响彻宫廷。
嘉靖帝要的就是这个效果，当即再次派出锦衣卫力士，以“要挟君上、无人臣礼、大不敬”为由，将在左顺门外闹事的官员全部抓捕，其中四品以上的八十六人暂时停职待罪（秋后算账），五品以下的一百三十四人则直接下狱论罪。
经过内阁授权三法司会审（内阁辅臣张璁、桂萼等都是嘉靖帝心腹），给这些不顾礼法、在皇宫外闹事的官员们做出了处罚判决——四品以上官员，停俸降职（日后都被贬斥、勒令致仕，就是滚回家吃老米饭去），五品以下官员先加以廷杖，然后革职、充军。
在执行廷杖的过程中，一共有十六人受刑不过，当场被打死。
而“左顺门事件”的罪魁祸首杨慎，先是在下狱后于七月十五被廷杖一次，几乎当场被打死，不过“死而复苏”；十天后，深恨他的嘉靖帝亲自下旨，再“廷杖一次”，明显，嘉靖帝这是要杀杨慎而后快。
但最终嘉靖帝考虑到不要轻易得罪整个文官集团（杨慎是科举状元、在文臣中极具象征意义，又是致仕大学士杨廷和的长子），尤其要给杨廷和面子，所以二次廷杖后，嘉靖帝将打得半死的杨慎革职流放，充军云南永昌卫，永不叙用、遇赦不赦（杨慎日后被流放终身，嘉靖三十八年（1559年），七十二岁的杨慎病逝于昆明）。
在用雷霆手段彻底压制了出头挑事的文臣、并将话语权牢牢控制在手中之后，嘉靖帝当机立断、在接下来的冬至大祭礼中，给生父“恭穆献皇帝”去掉了尊号上前缀的“本生”二字，直接尊称为“皇考恭穆献皇帝”，生母蒋氏则加尊号为“章圣慈仁皇太后”；刚刚薨逝的亲祖母邵太后追谥为“孝惠康肃温仁懿顺协天祐圣皇后”，入葬茂陵（宪宗的陵寝），和祖父宪宗皇帝合葬。
在宗法仪制上，嘉靖帝的生父、生母、亲祖母，都得到了正统皇帝、皇后的尊号和待遇。
另外，对于称呼了三年“皇考”的伯父孝宗皇帝，嘉靖帝也正式在这一年改称其为“皇伯考”，伯母张太后名义上“皇帝母后”的身份也改称为“皇伯母昭圣慈寿皇太后”。
从正德十六年（1521年）开始，历时三年的君臣“大礼议”争斗，终于在掌握了皇权、且心志坚毅、个性稳狠的嘉靖帝的雷霆手段打击之下，以皇帝大获全胜、文臣们一败涂地而告终（当然，在嘉靖帝的孙子明神宗万历帝那里，文臣们又找回了场子）。
表面上，围绕着“皇帝尊崇生父”而展开的“大礼议”交锋，看似是宗法和礼仪制度之争，实则却是君权与臣权的激烈对抗、和对朝政控制权的争夺。
而原本认为会轻松获得胜利的文臣们，在付出了惨重的代价之后，才知道之前被他们所轻视、疏忽的年轻皇帝心思有多深邃、意志有多坚定、手段有多娴熟，败在他的手下，不冤。
嘉靖四年（1525年），嘉靖帝生父“恭穆献皇帝”当年为兴王时的侧妃王氏被晋封为“皇考淑妃”（不是记载中的睿庙淑妃，此时恭穆献皇帝还没有加睿宗庙号），嘉靖五年（1426年），“恭穆献皇帝”的神主（牌位）被嘉靖帝送到太庙内，不过没有立即奉安于正殿，而是“别奉于世庙”。
十二年之后，嘉靖十七年（1538年），嘉靖帝的生母“章圣慈仁康静贞寿皇太后”蒋氏病重，行将离世，嘉靖帝对父母极孝，因此便预备为母亲再争取身后的荣耀，一定要让母亲以正统皇后的身份享受后世子孙的代代祭祀、永世不绝。
因此，当年九月，嘉靖帝按照大明历代先帝的谥号仪制，为生父加谥号为“知天守道洪德渊仁宽穆纯圣恭简敬文献皇帝”，并上庙号为“睿宗”，同时改位于湖广承天府（即兴王封地安陆州）的兴献王墓（嘉靖帝即位后，一直没给父亲的墓改名）为“显陵”，做好了将来一旦母亲驾薨，则可以立即归葬显陵，以皇后身份和父亲合葬的准备。
既然“恭穆献皇帝”已经升级为“知天守道洪德渊仁宽穆纯圣恭简敬文献皇帝”，并具有了“睿宗”的庙号，那么睿宗的神主就得按照礼仪制度，摆放进大明太庙正殿内，接受后世子孙的祭祀。
但大明皇家的太庙，是明太祖建国登基之后，依据周礼《礼记.
王制》中所记载的“天子七庙，三昭三穆，与大祖（太祖）之庙而七”的制度、并稍做修改，重新制定的宗庙祭祀仪制。
大明的太庙，在周礼的制度上增加了一昭一穆，于正殿之中供奉始祖、四昭四穆，共计九位神主。
到了明宪宗成化帝于天顺八年（1464年）继位时，大明太庙中正殿内的位置已经全部满了，分别是：德祖朱百六（始祖）、懿祖朱四九、熙祖朱初一、仁祖朱世珍、太祖朱元璋、太宗朱棣、（兴宗朱标被取消庙号、建文帝朱允炆无资格）、仁宗朱高炽、宣宗朱瞻基、英宗朱祁镇（代宗景泰帝朱祁钰当时没有庙号，无资格）。
二十四年后，成化二十三年（1487年），宪宗驾崩，明孝宗弘治帝继位。
宪宗的神主按照制度将奉安于太庙正殿，但此时太庙正殿内供奉的从始祖德祖朱百六开始，加上四昭四穆，至英宗朱祁镇为止，共计九代，已经满员了。
于是，孝宗下诏给礼部及宗人府，亲自解释了宗法“迁祧”的原则：“德祖以上，祖宗莫得其世次，德祖应以周后稷例，不可祧，其余亲尽则祧。”因此，孝宗将大明始祖德祖之下，离先帝宪宗血缘关系最远的懿祖的神主从太庙正殿中迁出，另建“祧庙”，将懿祖神主供奉其中。
之后，孝宗在弘治十八年（1505年）、武宗在正德十六年（1521年）先后驾崩，其神主都奉安于太庙正殿，嗣皇帝按照孝宗所做出的“迁祧”原则，将德祖之下，血缘关系最远的熙祖、仁祖神主从正殿迁出，迁往“祧庙”和懿祖作伴，一并供奉，以腾出正殿内的位置给孝宗、武宗神主。
因此，到了嘉靖帝在位时期，大明太庙正殿内的神主位置，是：德祖朱百六（始祖）、太祖朱元璋、太宗朱棣、仁宗朱高炽、宣宗朱瞻基、英宗朱祁镇、宪宗朱见深、孝宗朱佑樘、武宗朱厚照。
而懿祖朱四九、熙祖朱初一、仁祖朱世珍的神主，已经迁往“祧庙”供奉。
嘉靖帝要做孝子，追尊其父为“知天守道洪德渊仁宽穆纯圣恭简敬文献皇帝”、上庙号“睿宗”，如果此时将睿宗的神主放进太庙正殿内供奉，那么之前的九位先帝神主中，就得按照懿祖朱、熙祖、仁祖的例子，被“迁祧”出正殿一位，移到“祧庙”供奉。
而现有的九位神主中，德祖是大明皇室可以追溯到最早的一人，孝宗皇帝有诏令“以周后稷例，不可祧”，所以可以一直供奉于正殿。
太祖皇帝朱元璋则是大明王朝的开创者，有开国立基之赫赫功劳，自然“万世不祧”，并稳居于正殿正中，不管后世子孙嗣皇帝的血缘有多远，也不会“祧”到他头上。
既然德祖、太祖的神主不能挪位置，那么，太祖之下，距离“睿宗”血缘最远的先帝，就是发动“靖难之役”、从侄子建文帝手中夺取了大明社稷的太宗朱棣；将六世祖太宗的的神主从太庙正殿中迁出，给父亲“睿宗”的神主腾出位置，世宗起初的心思，就是这个样子。
一百一十四年前，永乐二十二年（1424年），世宗的六世祖、永乐帝朱棣在第五次北征途返回中，病逝于榆木川，皇太子朱高炽奉遗诏继位，即明仁宗洪熙帝。
仁宗即位后，要为父皇永乐帝追上谥号、尊号，以评价先帝的一生功业，所以仁宗召集群臣，商议给先帝尊上何种谥号、庙号。
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杨慎等人见嘉靖帝没有正面回答自己的请求，又没有强行赶走左顺门外的同僚们，自认为皇帝是心虚、不敢过于压制，怕因此得罪全体文臣，于是更加放肆，在左顺门外继续哭闹，甚至用手大力拍打宫门，搞得左顺门外“声震阙庭”，有如市井菜场一般。
嘉靖帝得知文臣们在左顺门外吵闹喧哗、还拍打宫门的消息后，立即下令，命锦衣卫将为首的几个人——翰林学士丰熙、六科给事中张翀、御史余翱等一一逮捕，下诏狱审问（故意没有第一时间抓杨慎）。
而杨慎见同僚被锦衣卫抓走，气愤恼怒不已，头昏脑涨之下不加思索，带着剩余的同僚们在金水桥、左顺门一带呼喝奔走，边走边哭，大声抗辩，直言皇帝拘押直臣，压制言论，破坏宗法礼仪。
当时皇宫内外的呼喊、哭泣声此起彼伏，响彻宫廷。
嘉靖帝要的就是这个效果，当即再次派出锦衣卫力士，以“要挟君上、无人臣礼、大不敬”为由，将在左顺门外闹事的官员全部抓捕，其中四品以上的八十六人暂时停职待罪（秋后算账），五品以下的一百三十四人则直接下狱论罪。
经过内阁授权三法司会审（内阁辅臣张璁、桂萼等都是嘉靖帝心腹），给这些不顾礼法、在皇宫外闹事的官员们做出了处罚判决——四品以上官员，停俸降职（日后都被贬斥、勒令致仕，就是滚回家吃老米饭去），五品以下官员先加以廷杖，然后革职、充军。
在执行廷杖的过程中，一共有十六人受刑不过，当场被打死。
而“左顺门事件”的罪魁祸首杨慎，先是在下狱后于七月十五被廷杖一次，几乎当场被打死，不过“死而复苏”；十天后，深恨他的嘉靖帝亲自下旨，再“廷杖一次”，明显，嘉靖帝这是要杀杨慎而后快。
但最终嘉靖帝考虑到不要轻易得罪整个文官集团（杨慎是科举状元、在文臣中极具象征意义，又是致仕大学士杨廷和的长子），尤其要给杨廷和面子，所以二次廷杖后，嘉靖帝将打得半死的杨慎革职流放，充军云南永昌卫，永不叙用、遇赦不赦（杨慎日后被流放终身，嘉靖三十八年（1559年），七十二岁的杨慎病逝于昆明）。
在用雷霆手段彻底压制了出头挑事的文臣、并将话语权牢牢控制在手中之后，嘉靖帝当机立断、在接下来的冬至大祭礼中，给生父“恭穆献皇帝”去掉了尊号上前缀的“本生”二字，直接尊称为“皇考恭穆献皇帝”，生母蒋氏则加尊号为“章圣慈仁皇太后”；刚刚薨逝的亲祖母邵太后追谥为“孝惠康肃温仁懿顺协天祐圣皇后”，入葬茂陵（宪宗的陵寝），和祖父宪宗皇帝合葬。
在宗法仪制上，嘉靖帝的生父、生母、亲祖母，都得到了正统皇帝、皇后的尊号和待遇。
另外，对于称呼了三年“皇考”的伯父孝宗皇帝，嘉靖帝也正式在这一年改称其为“皇伯考”，伯母张太后名义上“皇帝母后”的身份也改称为“皇伯母昭圣慈寿皇太后”。
从正德十六年（1521年）开始，历时三年的君臣“大礼议”争斗，终于在掌握了皇权、且心志坚毅、个性稳狠的嘉靖帝的雷霆手段打击之下，以皇帝大获全胜、文臣们一败涂地而告终（当然，在嘉靖帝的孙子明神宗万历帝那里，文臣们又找回了场子）。
表面上，围绕着“皇帝尊崇生父”而展开的“大礼议”交锋，看似是宗法和礼仪制度之争，实则却是君权与臣权的激烈对抗、和对朝政控制权的争夺。
而原本认为会轻松获得胜利的文臣们，在付出了惨重的代价之后，才知道之前被他们所轻视、疏忽的年轻皇帝心思有多深邃、意志有多坚定、手段有多娴熟，败在他的手下，不冤。
嘉靖四年（1525年），嘉靖帝生父“恭穆献皇帝”当年为兴王时的侧妃王氏被晋封为“皇考淑妃”（不是记载中的睿庙淑妃，此时恭穆献皇帝还没有加睿宗庙号），嘉靖五年（1426年），“恭穆献皇帝”的神主（牌位）被嘉靖帝送到太庙内，不过没有立即奉安于正殿，而是“别奉于世庙”。
十二年之后，嘉靖十七年（1538年），嘉靖帝的生母“章圣慈仁康静贞寿皇太后”蒋氏病重，行将离世，嘉靖帝对父母极孝，因此便预备为母亲再争取身后的荣耀，一定要让母亲以正统皇后的身份享受后世子孙的代代祭祀、永世不绝。
因此，当年九月，嘉靖帝按照大明历代先帝的谥号仪制，为生父加谥号为“知天守道洪德渊仁宽穆纯圣恭简敬文献皇帝”，并上庙号为“睿宗”，同时改位于湖广承天府（即兴王封地安陆州）的兴献王墓（嘉靖帝即位后，一直没给父亲的墓改名）为“显陵”，做好了将来一旦母亲驾薨，则可以立即归葬显陵，以皇后身份和父亲合葬的准备。
既然“恭穆献皇帝”已经升级为“知天守道洪德渊仁宽穆纯圣恭简敬文献皇帝”，并具有了“睿宗”的庙号，那么睿宗的神主就得按照礼仪制度，摆放进大明太庙正殿内，接受后世子孙的祭祀。
但大明皇家的太庙，是明太祖建国登基之后，依据周礼《礼记.
王制》中所记载的“天子七庙，三昭三穆，与大祖（太祖）之庙而七”的制度、并稍做修改，重新制定的宗庙祭祀仪制。
大明的太庙，在周礼的制度上增加了一昭一穆，于正殿之中供奉始祖、四昭四穆，共计九位神主。
到了明宪宗成化帝于天顺八年（1464年）继位时，大明太庙中正殿内的位置已经全部满了，分别是：德祖朱百六（始祖）、懿祖朱四九、熙祖朱初一、仁祖朱世珍、太祖朱元璋、太宗朱棣、（兴宗朱标被取消庙号、建文帝朱允炆无资格）、仁宗朱高炽、宣宗朱瞻基、英宗朱祁镇（代宗景泰帝朱祁钰当时没有庙号，无资格）。
二十四年后，成化二十三年（1487年），宪宗驾崩，明孝宗弘治帝继位。
宪宗的神主按照制度将奉安于太庙正殿，但此时太庙正殿内供奉的从始祖德祖朱百六开始，加上四昭四穆，至英宗朱祁镇为止，共计九代，已经满员了。
于是，孝宗下诏给礼部及宗人府，亲自解释了宗法“迁祧”的原则：“德祖以上，祖宗莫得其世次，德祖应以周后稷例，不可祧，其余亲尽则祧。”因此，孝宗将大明始祖德祖之下，离先帝宪宗血缘关系最远的懿祖的神主从太庙正殿中迁出，另建“祧庙”，将懿祖神主供奉其中。
之后，孝宗在弘治十八年（1505年）、武宗在正德十六年（1521年）先后驾崩，其神主都奉安于太庙正殿，嗣皇帝按照孝宗所做出的“迁祧”原则，将德祖之下，血缘关系最远的熙祖、仁祖神主从正殿迁出，迁往“祧庙”和懿祖作伴，一并供奉，以腾出正殿内的位置给孝宗、武宗神主。
因此，到了嘉靖帝在位时期，大明太庙正殿内的神主位置，是：德祖朱百六（始祖）、太祖朱元璋、太宗朱棣、仁宗朱高炽、宣宗朱瞻基、英宗朱祁镇、宪宗朱见深、孝宗朱佑樘、武宗朱厚照。
而懿祖朱四九、熙祖朱初一、仁祖朱世珍的神主，已经迁往“祧庙”供奉。
嘉靖帝要做孝子，追尊其父为“知天守道洪德渊仁宽穆纯圣恭简敬文献皇帝”、上庙号“睿宗”，如果此时将睿宗的神主放进太庙正殿内供奉，那么之前的九位先帝神主中，就得按照懿祖朱、熙祖、仁祖的例子，被“迁祧”出正殿一位，移到“祧庙”供奉。
而现有的九位神主中，德祖是大明皇室可以追溯到最早的一人，孝宗皇帝有诏令“以周后稷例，不可祧”，所以可以一直供奉于正殿。
太祖皇帝朱元璋则是大明王朝的开创者，有开国立基之赫赫功劳，自然“万世不祧”，并稳居于正殿正中，不管后世子孙嗣皇帝的血缘有多远，也不会“祧”到他头上。
既然德祖、太祖的神主不能挪位置，那么，太祖之下，距离“睿宗”血缘最远的先帝，就是发动“靖难之役”、从侄子建文帝手中夺取了大明社稷的太宗朱棣；将六世祖太宗的的神主从太庙正殿中迁出，给父亲“睿宗”的神主腾出位置，世宗起初的心思，就是这个样子。
一百一十四年前，永乐二十二年（1424年），世宗的六世祖、永乐帝朱棣在第五次北征途返回中，病逝于榆木川，皇太子朱高炽奉遗诏继位，即明仁宗洪熙帝。
仁宗即位后，要为父皇永乐帝追上谥号、尊号，以评价先帝的一生功业，所以仁宗召集群臣，商议给先帝尊上何种谥号、庙号。
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